有鑑於海洋保護區域之整合規劃、協調及執行，為本署掌理事項，本署爰積極著手臺灣海洋保護區之盤點、檢討與整合等相關工作，並於107年12月17日召開「臺灣海洋保護區整合平臺」籌備會議，邀請各中央目的事業主管機關與會，成立海洋保護區跨域整合平臺。
整合平臺會議的運作，將以中央相關部會與專家學者制為主，並視討論議題邀請相關地方政府機關與NGO參加。會議頻度原則每季召開一次，並視需要召開專案會議。
108年度第1次會議，本署針對臺灣海洋保護區評估指標試算基礎與我國海洋保護區名錄進行討論，與會人員對於海洋保護區評估項目中的執法問題，進行較深入的討論，會中並請各機關與所轄海洋保護區之管理單位持續對現地執法狀況進行瞭解，並可提出相關執法需求，酌情請海巡署協助，以提升海洋保護區執法能量。
    第2次會議於108年11月19日召開，主要針對海洋保護區訪查計畫成果、我國海洋保護區法制化內容，以及我國海洋保護區劃設基準、認定標準與計算基礎等項進行討論，與各主管機關意見交流。
     109年度我們在3月26日召開了第1次平臺會議，有別以往僅有專家學者與管理單位的參與，這次首度邀請關心海洋環境的NGO夥伴們加入討論，讓我們能以不同角度檢視現行的海洋保育策略，討論內容包含各海洋保護區依據IUCN的保護區類型系統進行分類、將野生動物保育法的野生動物重要棲息環境納為海洋保護區類型之一、海洋生態熱點倡議等。
     第2次會議於109年7月1日召開，邀請臺灣海洋大學的張淑淨教授向各海洋保護區主管機關說明由內政部地政司及臺灣電子航行圖中心共同推動的「跨機關國際海測組織（IHO）S-100（通用海測資料模型）之S-122（海洋保護區）資料產品之合作試製計畫」，期望將來透過製作與電子航行圖資一致的S-122規格圖資，確立邊界範圍以及各項法規限制等管理措施，產製符合國際通用標準、具官方資料驗證及維護更新機制的MPA圖資，除可向國際發布提供海上航行使用外，各主管機關間圖資格式、邊際線、座標……等標準一致，在保護區管理應用上將更為便利。