截至109年9月,計有44處,面積約5303.97平方公里(扣除重疊面積約3.88平方公里),占臺灣領海外界線以內水域面積+金馬太平島禁限制水域64,473平方公里(內政部提供)面積之8.23%。若以臺北市行政轄區面積272平方公里為單位進行換算,台灣海洋保護區約19.5個臺北市大小,主要以國家公園面積比例82.86%最大,其次依序為海洋野生動物保護區(含重要棲息環境)14.44%、漁業資源保育區1.85%、國家風景區0.83%、自然保留區0.02%。
有關保護區的介紹、治理以及協調平台會議請見本署「健康棲地」網頁。