我國與海洋保護區有關之規範，目前散布於不同目的事業主管法規，各權責機關依其主管法規劃設不同類型海洋保護區，且各有其不同保護標的、管理目的及保育方式，例如野生動物保護區係為保育物種及多樣性，國家公園則兼顧保育、研究、育樂等目的，漁業資源保育區為保育水產資源，自然保留區則為保留自然區域特殊地形資源之原來狀態，而國家風景區主要為發展觀光及永續經營特有自然人文景觀資源而予以劃設。

過去海洋保護區主管機關行政院農委會漁業署，曾於2010年參考IUCN將MPA定義為：「平均高潮線往海洋延伸之一定範圍內，具有特殊自然景觀、重要文化遺產及永續利用之生態資源等，須由法律或其他有效方式進行保護管理之區域。」並認定我國海洋保護區主要依《漁業法》、《國家公園法》、《野生動物保育法》、《文化資產保存法》及《發展觀光條例》等法規劃設，截至111年12月，計有47處，面積約5264.27平方公里（扣除重疊面積約3.88平方公里），占臺灣領海外界線以內水域面積+金馬太平島禁限制水域64,473平方公里(內政部提供)面積之8.17%

依照《漁業法》劃設的豐濱漁業資源保育區

若以臺北市行政轄區面積272平方公里為單位進行換算，臺灣海洋保護區約19.3個臺北市大小，主要以國家公園面積比例83.48%最大，其次依序為海洋野生動物保護區(含重要棲息環境)14.63%、漁業資源保育區0.98%、國家風景區0.89%、自然保留區及自然紀念物0.02%。共包含：
一、依《野生動物保育法》劃設之1個野生動物重要棲息環境及5個野生動物保護區（本署主管）。
二、依《國家公園法》劃設之4個含海域區國家公園（內政部主管）。
三、依《漁業法》劃設之30個漁業資源保育區（行政院農委會漁業署主管）。
四、依《文化資產保存法》劃設之3個自然保留區（行政院農委會林務局主管），以及2個自然紀念物(本署主管）。
五、依《發展觀光條例》及《都市計畫法》於國家風景區內劃設之2個海域資源保護區（交通部觀光局主管）。

 

依照《野生動物保育法》劃設的馬祖列島燕鷗保護區

2010年生物多樣性公約（Convention on Biological Diversity, CBD）第十次締約方會議（COP10）通過之「愛知目標」建議於2020年前將10%的沿海和海洋區域劃設為保護區，並有效管理。2014年聯合國永續發展大會通過一系列永續發展目標（SDGs），目標14「保育及永續利用海洋與海洋資源，以確保永續發展。」訂定細項目標14.5宣示「 在西元 2020年以前，依照國家與國際法規，及可取得的最佳科學資訊，保護至少10%的海岸與海洋區。」
 

2020年全球海洋保護區比例7.44％，面積為2,694萬7,375平方公里，包含6.87%的國家管轄範圍內的區域（國家水域）及0.72%的國際水域（Areas Beyond National Jurisdiction, ABNJ）。占全球海洋面積39％的國家水域範圍內，劃設保護區面積計2,432萬9,222，占該項水域面積的17.23％；占全球海洋面積61％ 的國際水域(ABNJ)內， 僅有1.18 ％ 被指定為保護區（https://protectedplanet.net/marine）。海洋保育署將持續努力，向愛知目標邁進。

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