推動在地社區自主管理是提升海洋保護區管理成效的重要策略之一，而引荐政府資源投入生態調查並培訓在地公民調查能力，是累積生態調查數據的有效方案。因此，本計畫為落實前述二項提升海洋保護區經營管理成效之改善策略，選定臺東縣都蘭沿岸海域、宜蘭縣頭城漁業資源保育區、澎湖縣七美漁業資源保護區等三處區域，規劃以專家輔導、利害關係人工作坊及科學調查等方式，盤點其管理體系(包含法規工具、管制措施設計、執法效能)、生態調查歷史數據及經營管理困境等，分別就三處區域提出對應之改善方案並落實。
都蘭水產動植物繁殖保育區_輔導工作坊歷經二年執行期程，已完成臺東都蘭海域都蘭水產動植物繁殖保育區預定範圍之亞潮帶生態調查與 4 次部落公民科學家調查，共計辦理超過 10次之部落會議及教育宣導活動，與都蘭部落居民、年齡階層、臺東區漁會以及臺東縣政府達成協議，完成都蘭水產動植物繁殖保育區管理計畫草案，但目前仍因主要利害關係人對保育區範圍與管理措施尚未達成共識，仍需持續推動保育區劃設輔導工作。
頭城漁業資源保育區已完成兩年生態調查、多場利害關係人深度訪談、保育區管制事項與範圍修訂討論工作坊及一場保育區巡禮工作坊，確認頭城區漁會及社區發展協會願意投入保育任務，以在地里民組織為基礎，輔以海洋保育志工及另外招募之志工籌組巡守隊，並已召開巡守隊招募。當地民眾支持在大里漁港至桶盤崛間之沿岸區域劃設核心區，保育區管理計畫修正草案經宜蘭縣政府審議，於2024年10月1日公告保育區修正預告。
七美漁業資源保育區_輔導工作坊七美漁業資源保育區於 2023 年及 2024 年執行 4 次工作坊會議，達成七美保育區分區管理及提升管制強度之修訂共識，規劃潮下帶完全禁漁之核心區，潮上帶則維持傳統潮間帶採集利用之緩衝區，且擴大保護區範圍，經中央及地方主管機關審核，完成保護區範圍及分區管制之管理計畫之修訂，規劃核心區(完全禁漁區)4.81 公頃及緩衝區(僅開放在地居民於潮上帶傳統採集)1.76 公頃，保護區範圍擴大 2.57 公頃，於 2024 年 9 月 2 日正式公告執行。
