主要建立國內重要商港及漁港港口底泥背景數據，同時協助驗證「港口環境底泥採樣及檢測技術指引」，瞭解分析可行性。各港口水質皆符合海域環境品質標準，底泥於各港口皆有部分測項測值超過底泥品質指標下限值。其中重金屬鋅於正濱漁港。超過底泥品質指標上限值，重金屬銅、鋅於前鎮漁港超過底泥品質指標上限值；有機化合物僅於基隆港、前鎮漁港及正濱漁港超過底泥品質指標下限值，基隆港、正濱漁港、前鎮漁港有較高累積濃度。另參照「港口環境底泥採樣及檢測技術指引」執行採樣及分析檢測，成果顯示皆適合應用於港口底泥。
        臺北港鎳超出下限值。
        高雄港第一港口汞、鉻、鎳、鋅超出下限值。
        高雄港第二港口鎳超出下限值。
        蘇澳港於鉻、鎳、砷超出下限值。
        正濱漁港於汞、鉛、鋅、砷苯駢苊、二苯(a,h)駢蒽、茚(1,2,3-cd)芘、菲、芘、苊烯、䓛、苯(a)駢蒽、苯(a)駢芘、苯(b)苯駢苊、苯(g,h,i)苝、苯(k)苯駢苊超過下限值，銅超出上限值。
       八斗子漁港於汞、銅、鉛、鋅、砷超過下限值。
       梧棲漁港於汞、銅、鎳、砷超出下限值。
       前鎮漁港於汞、鎘、鉻、鉛、鎳、砷、蒽、萘、菲、芘、苯(a)駢芘、苯(g,h,i)苝、戴奧辛、鄰苯二甲酸二(2-乙基己基)酯(DEHP)超出下限值，於銅、鋅超出上限值。
       烏石漁港於汞、鎳、砷超出下限值。
       建議各類港口管理機關加強管理港區周邊污染物排放，定期調查或稽核排放情形，各港口可增加港嘴及近岸多點，及了解是否受上游陸源活動影響，以釐清底泥污染來源，並建議未來各類港口管理機關定期檢測，以維護健全的港口環境。