海鳥的存在往往聯繫著海洋與陸地的地資源，肉食性的牠們作為海洋環境的掠食者之一，透過營養階層的傳遞，反映著世界上各式海洋環境的生態，牠們的存在也是一種指標，維繫著海洋資源脈絡，讓人們得以觀測海岸生態健康與否。

          依照國際鳥盟(Birdlife international)定義，海鳥是指其生活史多在海域環境中的鳥類，包含企鵝、多數管鼻目鳥類、鰹鳥、鷗科鳥類與部分鷸科鳥類共359種，經比對中華鳥會發布的2020年臺灣鳥類名錄，我國有84種海鳥(可參考附件)，包括雁鴨科5種、鸊鷉科4種、鷸科2種、賊鷗科4種、海雀科3種、鷗科36種，熱帶鳥科3種、潛鳥科4種、信天翁科3種、海燕科3種、鸌科9種、軍艦鳥科2種、鰹鳥科3種、鸕鷀科3種。其中玄燕鷗、遺鷗、白眉燕鷗、黑嘴鷗、紅燕鷗、蒼燕鷗、小燕鷗、鳳頭燕鷗、黑嘴端鳳頭燕鷗、短尾信天翁、黑腳信天翁等11種物種為我國海洋保育類野生動物。

           國內以燕鷗為主要保護標的之保護區有「馬祖列島燕鷗保護區」、「澎湖貓嶼海鳥保護區」及「基隆棉花嶼及花瓶嶼野生動物保護區」，共三處。其中馬祖列島燕鷗保護區成立於2000年1月26日，保護區範圍涵蓋東引鄉之雙子礁(0.72公頃)、北竿鄉之三連嶼(1.39公頃)、中島(2.02頃)、鐵尖(1.9公頃)、白廟(1.88公頃)、進嶼(3.12公頃)、南竿鄉之瀏泉礁(1.09公頃)，與莒光鄉之蛇山(3.16公頃)等8座島嶼(核心區)，以及各島礁低潮線向海面延伸100公尺之海域(緩衝區)，面積共約72公頃（陸域12公頃、海域60公頃），保護區範圍內觀光與漁業行為均受到相關管制。

           馬祖列島燕鷗保護區主要保護對象為其島嶼生態、棲息之海鳥及特殊地理景觀，以保護區內各島嶼作為繁殖地鳥類包括白眉燕鷗(Onychoprion anaethetus)、紅燕鷗(Sterna dougallii)、蒼燕鷗(Sterna sumatrana)、鳳頭燕鷗(Thalasseus bergii)、黑尾鷗(Larus crassirostris)、岩鷺(Egretta sacra)，及叉尾雨燕(Apus pacificus)等7種，2000年更首次於馬祖地區發現黑嘴端鳳頭燕鷗，並紀錄到其繁殖行為。

           黑嘴端鳳頭燕鷗(Thalasseus bernsteini)是相當具有代表性的海洋保育物種，因其族群紀錄稀少，其分布及遷徙路徑相較於其他鳥類，更為神秘且難以捉摸，能被世人稱為「神話之鳥」即足以說明牠的稀少。2018 年在浙江省韭山列島與五峙山列島這兩座島嶼上共有77 隻黑嘴端鳳頭燕鷗成鳥，並成功孵育出25 隻幼鳥；加上該年在南韓，與我國馬祖、澎湖與的族群量，其世界族群量已突破100隻，在復育之路上是讓人振奮的消息。本署自2020年起即開始累積能量，委託國立臺灣大學辦理「臺灣海鳥族群生態調查與資料蒐集計畫」，召開專家會議進行討論與修訂，推動「黑嘴端鳳頭燕鷗保育計畫」，於2022年12月完成並公告，透過盤點黑嘴端鳳頭燕鷗相關研究資訊與遭遇之威脅壓力，訂定我國保育行動策略，以利執行此珍稀物種的保育行動，確保此珍稀物種得以順利繁衍。

           此外， 海保署自2020年起持續調查全臺海鳥族群，追蹤海鳥族群動態，並透過各地方單位、學術單位及民間團體等各方單位持續合作，針對海鳥棲息地加強繁殖監控與巡護、維護繁殖地、移除捕食者，也監測棲地環境與族群等，保育我國的海鳥資源。