南瀛海洋保育教育中心的基地設置在位於成功大學安南校區內的海洋生物及鯨豚研究中心建物內部，並結合校內海洋生物及鯨豚中心建物內既有鯨豚標本典藏、標本處理及製作、解剖空間，在靜態、動態及實務做鋪陳，展示意象從科學入門到進階，做多面向的教育展示，讓參觀者可以有全然不同的知識及實務學習的機會。