本計畫使用一套標準化的調查方式，以建立我國海洋包括重要生態系及海洋保護區固定測站之長期生態與環境基礎資料調查。其工作內容包含 (1) 臺灣周邊海域生態系-船舶調查； (2) 臺灣海域重要生態系及海洋保護區（以珊瑚礁區為主）-人員潛水調查； (3) 自動監測系統之建置與調查； (4) 臺灣海域重要海洋生態系及海洋保護區資料庫建立與歷年資料庫及本案生態調查之成果資料整合，並在計畫後期做到進階生態熱點分析及生態系統服務評估與價值衡量。我們期望分析結果可作為我國海洋保育署或其它單位/組織未來研究，或推動保育、復育、環境教育推廣等相關工作之重要參考。
今年度我們完成了38處的臺灣周邊海域船舶調查。水文調查資料顯示，今年含春季與夏季水文調查資料顯示，臺灣周邊海域大致可依海水特性分為北、東及西三個區域，營養鹽變化季節間略具有差異。海洋>308µm微塑膠/人造物，本年度在春季與夏季時，皆以西部海域數量最多，其次為北部海域，微塑膠/人造物的型態多是纖維狀，定性分析則以纖維素跟塑膠佔比例高。浮游生物東部海域在春、夏兩季皆有較佳生物多樣性表現，仔稚魚兩季間呈現南北差異，春季以西南部樣站仔稚魚豐度最高，夏季則從西北、北部與東北部樣站皆有高仔稚魚豐度。其生物多樣性整體來看，夏季高於春季。整年度魚類e-DNA調查共偵測到148科751個海洋魚類物種的序列，以及3科14種海洋哺乳類動物的序列。與去年整年做比較，今年偵測到的海洋魚類物種數比去年多出180，在海洋哺乳類動物上亦較多。魚類e-DNA多樣性分析結果和仔稚魚分析結果一致，顯示出多樣性之呈現存在有空間上與時間上的差異，但空間上較為明顯。
人員潛水調查部分研究迄今，已完成北臺灣、臺灣東岸、澎湖、綠島、小琉球、蘭嶼及墾丁共97處站點的珊瑚礁底棲生態調查，已接近初始規劃的100處站點之調查。和其他同類型研究不同的是本研究團隊利用自行研發的預訓練資料庫，因此可快速並有效的描繪珊瑚礁狀態。結果顯示，各地區的底棲群聚結構雖截然不同，但區域間並沒有明顯的差異。另外，針對環境因子的初步探討，發現溫度、光度和波浪暴露對底棲群聚的影響甚小，推測其它因子對底棲群聚的影響可能更大，像是人類活動的干擾，未來將繼續收集相關的數據資料來佐證。明年度的工作重點將為找出底棲群聚（生物） 和環境（非生物）間的交互影響，可用來評估當前保護區的設立成效，並為保護區的管理政策調整提供更佳的方針。
底泥生物群聚結構分析顯示不同海域之間的底泥生物密度無顯著差異，但澎湖與北臺灣的底泥生物量皆高於東臺灣。 另外，根據生物量分析不同海域之間之生物組成發現並無顯著差異，但根據生物密度分析的生物組成則顯示澎湖與東臺灣和澎湖與北臺灣之間有顯著差異。綜整兩年的資料分析結果顯示澎湖的珊瑚礁區底泥生物群聚的生物量最高，其生物組成也於臺灣本島的珊瑚礁區底泥生物群聚不同；而東臺灣的珊瑚礁區底泥生物密度與生物量則較其他海域低，代表該區域的食物供給可能較少，除此之外，東臺灣樣點的沉積物主要由礫石組成，代表該海域的流場能量較強，因而無法留下泥質有機碳量較高的沉積物，也對底棲生物施加更強的物理環境擾動壓力。珊瑚礁區魚類eDNA分析今年進一步完成東臺灣、小琉球、及墾丁共29樣點的分析，共偵測到390個海洋魚類物種的序列，隸屬於78 個科，以及海洋哺乳動物1科1種，其個別站點的物種多樣性和珊瑚礁生態調查結果一致，大致上生態環境佳且位在保護強度高的魚類物種數較高。綜合潛水攝影底棲生物、eDNA魚類、及底泥生物群聚調查，發現三者加總之相對多樣性熱點為澎湖，而東北角貢寮區及屏東墾丁次之。另外，若僅比對潛水攝影及底泥生物群聚調查資料，則可發現珊瑚（包括石珊瑚及軟珊瑚）和海綿覆蓋率高的區域其底泥生物量也較高，顯示珊瑚及海綿等地棲性基礎物種可能促進底泥生物的生產力和生物量，進而從食物鏈的底層影響整個珊瑚礁生態系的運作。一般而言，東海岸的生物多樣性及生物量相對低，而澎湖則是底棲生物、底泥生物及魚類的生物多樣性熱點。
為了發展海洋生態長期觀測技術，在基隆潮境、桃園觀新兩處海域，水深約10公尺之海床上架設自動錄音監測系統，視覺化呈現長時間水下錄音以評估兩處海域之聲景特性，運用聲源分離技術調查動物聲音與人為噪音的變化趨勢，並藉由分群模型分析動物聲音多樣性變化。本年度分析結果顯示，兩處測站夜間皆能夠偵測到多樣化的魚類合唱與甲殼類動物聲音，魚類合唱的聲學特徵在兩處海域明顯不同，主要是與當地的魚類群聚結構有關。本計畫利用動物聲音多樣性做為評估生態系健康之指標，與去年（2021年）監測結果比較，發現本年度未受疫情警戒限制海域活動或是颱風導致之強降雨事件，兩處海域之聲音多樣性較為穩定。長期監測水下聲景將能夠產出高時間解析度的生態資訊，協助保育主管機關評估海洋生物多樣性的時空變化趨勢。
生態系服務價值評估則可發現，澎湖南方四島島嶼北側受到的波浪侵蝕風險等級較高，在潮境保育區及周遭海灣區域以海灣南側靠近八斗子車站區域以及潮境公園北側的海岸線受到波浪侵蝕風險等級較高，氣候變遷海平面上升情境未造成過多增加，沿海地形改變推測可能為影響主因；文化服務價值建議未來可考量水下景點評估；全臺灣海洋保護區的觀光價值分析結果顯示，觀光人次最多的保護區主要為墾丁國家公園與中華白海豚野生動物重要棲息環境。
