隨著戰地政務管制的解除，農委會積極輔導連江縣政府進行相關的生物資源調查與研究，目前已初步完成植物及鳥類的調查工作，其中鳥類紀錄已多達250種。而連江縣政府為維護馬祖列鳥自然生態資源及保護海鳥棲息環境，於本年五月份依據野生動物保育法第十條及同法施行細則第十二條規定提出「馬祖列島燕鷗保護區」保育計畫書，並經福建省政府層報農委會審查，預定可以在八月底前提送「行政院農業委員會野生動物保育諮詢委員會」認可後公告實施，屆時台、澎、金、馬地區的野生動物保護區將增至十二處，象徵我國的生態保育工作又向前邁進一大步。

馬祖地處亞熱帶，屬海洋性氣候，四季分明，年均溫約20.6℃，，早晚溫差大最高月均溫出現在八月28.1℃，最低月均溫出現在二月7.2℃。夏秋季節（6－9 月）氣溫較高。由於島嶼小、孤懸海中且缺乏高山屏障，季風長驅直入，風強而雨少，年平均降雨量不足1000公釐，不利於農業之發展。

馬祖各島嶼基盤全由花崗岩所構成，島礁數量眾多但面積狹小，地型多丘陵，崎嶇不平，土地貧瘠，陸上物種較為稀少，海洋物種及漁產則相當豐饒。

馬祖最具地方特色的生物資源是豐富的漁場及鳥類生態。由於位處世界著名漁場-舟山群島西南端，暖寒海流相匯，漁產豐饒，並因花崗石岩岸地形，海水全年清澈，形成優良之磯釣場，黃雞魚、黑鯛、黑毛、鱸魚、黃魚、黃鰭鯛、嘉納、紅甘等都是本處常見的經濟魚種，其他如鯷魚、鯡魚等小型魚類除可供漁獲外，更可充分供應海鳥所需食物來源。由於地處於東亞候鳥遷徙路線之中繼站，因此每年皆吸引無數鳥類在此過境、渡冬或繁殖。此外，馬祖地理位置接近大陸而離台灣較遠，因此出現的鳥種和台灣地區者差異度頗高，尤其是一些在台灣地區被列為迷鳥或稀有的鳥種，在此地卻蹤跡常現，更增添馬祖地區在鳥類資源保育上的重要性。

保護區各島嶼除少數草生地覆蓋外，皆為裸露的花崗岩塊，其植物相以菊科、蕃杏科植物為主。島嶼附近海域為暖、寒海流南北相匯之處，為海洋迴游生物棲息繁衍場所，因此漁產資源豐富，充分供應海鳥的食物需求。

保護區各列島以往除少數部份外，均曾為國軍演習射擊時炮擊目標，嚴重影響島嶼原始風貌及海鳥棲息環境，甚至造成大量燕鷗死亡。目前馬祖防衛司令部已同意停止一切對有燕鷗繁殖島嶼之射擊活動，此正顯示國軍對生態保育工作觀念的轉變與提昇。

本保護區預定島嶼皆屬無人島，然為因應島礁周邊海域炸魚、濫捕行為及觀光事業發展後人為所產生的干擾等，因此須有分區規劃的設計，分別訂定管制事項。
(一)核心區：各保護區陸域部份，面積約十二公頃。
因鄰近海域漁產豐富，大陸及馬祖地區漁船作業頻繁，為防止人為干擾與破壞，特劃定島礁陸域部份為核心區，並訂定管制事項：
全年嚴禁民眾攀登或進入核心區，但為學術研究或自然教育目的者不在此限，惟須先向主管機關申請許可後，使得為之。
非燕鷗繁殖季節（每年十月至翌年三月），漁民得登岸採擷貝類或海（紫）菜，但不得違反野生動物保育法相關管制事項。
(二)緩衝區：各保護區島礁低潮線向海延伸一○○公尺內之海域部份，面積約六十公頃。
為因應馬祖發展之觀光事業，將來勢必帶動大量人潮湧入，為避免干擾海鳥之行為，特劃定本區管制。本緩衝區內嚴禁按鳴喇叭、放鞭炮或煙火、餵飼海鳥或其他干擾海鳥之行為。

• (一)本保護區公告實施後，應立即擬定保育經營管理計畫，配合警政署水警隊加強執行巡查、取締等工作，並印製海報，於出海港口設立公告、解說牌及辦理各項保育宣導教育等活動，以落實資源保育及海域防護的工作。
• (二)持續進行馬祖列島生態環境及海鳥生態之調查與研究，建立基礎監測資料，以作為保護區經營管理之參考，並增進國人對燕鷗生態之瞭解，進而建立保育之共識。
• (三)為兼顧保育與經濟成長，連江縣政府宜主動積極規劃相關之生態旅遊方式與管制措施，發展合乎保育潮流的觀光活動，以確實落實自然生態資源保育及達到地區永續發展的成效。