農委會於民國85年2月6日召開的野生動物諮詢委員會會議通過「棉花嶼、花瓶嶼野生動物保護區」案，同年3月18日正式公告棉花嶼、花瓶嶼為野生動物保護區；於85年8月，基隆市政府依保育計畫辦理「小小羊兒要回家」活動，將棉花嶼上放養山羊運回台灣本島，希望能恢復海島原來面貌。民國100年因棉花嶼、花瓶嶼野生動物保護區自民國85年公告成立後已15年，當時所訂之公告部分內文未盡明確，造成民眾誤解，爰此，基隆市政府修正公告事項部分規定經農委會核定後，於民國100年12月7日以基府產農貳字第1000188929B號公告修正本市棉花嶼、花瓶嶼野生動物保護區公告事項，俾利兩島保育工作順利執行。

棉花嶼位於東經122度 6分，北緯25度29分，面積約13.3公頃；花瓶嶼位於東經121度56分，北緯25度25分，面積約3.08公頃。棉花嶼、花瓶嶼野生動物保護區範圍為棉花嶼全島陸域及其低潮線向海域延伸500公尺範圍內，與花瓶嶼全島陸域及其低潮線向海域延伸外200公尺範圍內；合計陸域面積為16.38公頃、海域為210公頃，總計226.38公頃。

• (一)主要保護對象為島嶼生態系及其棲息之鳥類、野生動物及火山地質景觀。
• (二)復原保護區野生動植物棲息環境生態之原始樣貌與完整。
• (三)辦理棉花嶼、花瓶嶼野生動物保護區生態調查，並記錄保護區野生動物棲息環境復原之狀況、植被演替情形及火山地質景觀變化。
• (四)落實野生動物保育法，加強保護區之管理，進行保護區之巡視，避免人為破壞，維護提供保護區野生動植物良好棲息環境。
• (五)加強保護區之自然生態宣導，推動環境教育活動。
• (六)辦理保護區野生動物疫病監測，作為國內動物防疫參考。

地形與地質：

棉花嶼：島嶼外貌呈狹長狀，南北軸長約800公尺，東西寬約530公尺，周圍長1800公尺，面積約13.3公頃。地勢東南高、西北低，呈現東南部向西北緩絳的坡面，為台地地形，最高點位於東部火山錐頂（東丘），海拔約61公尺，丘頂至山坡有緩起伏面。

花瓶嶼：位於棉花嶼西南側，由一個51公尺高之小島與數個小岩礁形成，面積約3.08公頃，為北方三島中最小的島嶼。主島之島形大致呈長方形，長不超過180公尺，寬約為80公尺，周圍長度不超過 300公尺，但最高點可達53公尺，地形因風化呈現鋸齒狀山形，島嶼四周被海崖圍繞，海岸均為懸崖峭壁，陡峻的地形，加上近岸多岩礁，船隻無法停靠，不易上岸。

自民國100年起至106年基隆市政府每年均委託基隆鳥會於棉花嶼及花瓶嶼進行生態調查，民國100年於北方三島共紀錄到28科86種，其中保育類12種。海域部分共記錄到20種，海鳥族群以鸌形目，鰹鳥科，燕鷗亞科為主，非海鳥的過境種類有家燕、黑頭翡翠、西方黃鶺鴒。計有蒼燕鷗、白眉燕鷗、鳳頭燕鷗3種保育鳥類，並首次記錄到長尾水薙鳥Puffinus pacificus的暗色型，與二度紀錄到煙黑叉尾海燕Oceanodroma matsudairae。

棉花嶼土壤貧瘠，夏季乾旱，冬天風勢強勁，不利植物生長，植物相大多由草本植物所組成，無灌木與喬木。白眉燕鷗於島上四周懸崖上與屏風岩上約上百個巢位；玄燕鷗於東北側礁岩上棲息，並於主島東側向北的陡坡上繁殖；白腹鰹鳥則停棲於屏風岩之北壁與南壁；磯鷸、岩鷺於主島西、北及東北側之礁岩上活動；春、秋季之過境鳥大致於全島可見；猛禽多停棲於島上最高處。

花瓶嶼上植物呈零星分布，以石板菜為主。花瓶嶼四周陡峭，無法登陸，形成一處天然適合海鳥棲息、繁殖的地方。約百隻的白眉燕鷗，於東北側凹陷之矮草區繁殖、活動；白腹鰹鳥主要棲息於東北側另一獨立巨石岩壁上，最多曾在8月份時記錄到100隻左右。

棉花嶼：已登錄為國有土地，無駐軍與軍事設施，劃設為保護區後，目前為基隆市政府所管理。萬應公廟為目前島上僅存的人工建築物，無人居住。

花瓶嶼：為一無人島嶼，屬未登錄土地，由基隆市政府管理。

分區規劃成核心區與緩衝區：

核心區：棉花嶼與花瓶嶼陸域部分。

緩衝區：棉花嶼平均低潮線向外延伸500公尺海域與花瓶嶼平均低潮線向外延伸200公尺海域部分。