澎湖群島，因面積狹小，且與陸地相隔，雖然陸棲性野生動物稀少，但海洋資源卻相當豐富。群島範圍內，無人島及礁岩性小島眾多，提供海鳥優良的棲息繁殖環境，位於澎湖縣望安鄉境內的大、小貓嶼，即為一例。陸域面積約10公頃的大、小貓嶼，由於四面皆為懸崖峭壁，人跡罕至，仍維持十分完整的自然風貌，因而成為燕鷗的最佳棲息場所。除燕鷗外，島上棲息的其他海鳥種類及數量亦多，為台灣地區罕見的壯麗景觀。

近年來前往貓嶼觀光的遊客日益增加，加上漁民經常至島上撿拾鳥蛋，以及國軍曾將此地列為靶場，都造成島上生態環境和鳥類資源的破壞，為維護貓嶼稀有的海鳥資源，澎湖縣政府於民國80年5月將大、小貓嶼依野生動物保育法公告為野生動物保護區，並加以管理。

保護區範圍包含大、小貓嶼陸地部份及其向外延伸100公尺之海域部份，總面積約36.2公頃。保護區位於望安島西南方約16公里處，為玄武岩構成的島嶼，因形狀有如大小兩隻貓趴在海上而得名。大貓嶼高約70公尺，為澎湖群島的最高處，四面為陡立的懸崖，攀登不易，只有東側有一海蝕平台，可供賞鳥者登陸。

氣溫：年平均氣溫23.4℃；每年以1月最冷，平均約16.7℃；以7月最熱，平均約28.7℃。

雨量：年雨量約950公釐左右，乾濕季分明。

海拔高度：0-70公尺。

地質特性：大、小貓嶼的岩層上層皆由較緻密的玄武岩構成，柱狀節理多呈彎曲狀；下層則由火山角礫岩組成。層間夾有較薄的多孔狀玄武岩。

以下介紹本區重要鳥類之特色：

身長30公分。嘴為黑色，前端帶有黃色；腳黑褐色，尾長有深叉。頭部從嘴基部到頭後部有一條黑紋，臉、體下與尾部為白色，背、翼為淡灰白色，有白色翼帶，且初級飛羽的第一羽為灰色。

身長40公分，眼、嘴為黑色，頭頂與後頸黑色，過眼線黑色，上有白眉，因而得名。身上覆羽，除背、翼及尾部為暗灰褐色，其餘均為白色。

身長40公分。全身大部分為黑褐色，過眼線黑色，頭頂灰白色，喉部灰色。嘴黑色，腳黑色。

貓嶼除少數草生地外，皆為裸露的玄武岩塊，其植物相以藜科、藍雪科及禾本科植物為主。貓嶼周圍岩礁散布，海流湍急，船隻不易通過，不易受干擾，且夏季受黑潮支流、冬季受大陸沿岸流影響，成為海洋洄游生物棲息產卵場所，因此附近海域的漁業資源豐富，充份供應海鳥的食物需求。

遊客或漁民上岸撿拾鳥蛋、騷擾海鳥族群、製造環境污染及其他破壞生態環境和鳥類棲息地之行為。

本區過去曾為國軍的砲擊靶場，公告為野生動物保護區後，軍方已不再將此地作為靶場。目前大小貓嶼屬未登錄地，尚待辦理測量與登錄。島上雖無人居住，但常有漁民及遊客登島遊玩或撿拾鳥蛋、海螺等，冬季亦有漁民前往採集紫菜。

海鳥保護區內，禁止各種騷擾海鳥及破壞生態環境之行為，並有巡護船進行巡邏取締工作。

※珍貴稀有

玄燕鷗 (Anous stolidus)

白眉燕鷗 (Sterna anaetheta)

小燕鷗 (Sterna albifrons)

蒼燕鷗 (Sterna sumatrana)

灰面鷲 (Butastur indicus)

紅尾伯勞 (Lanius cristatus)