我國依據國家公園法劃設之國家公園共計9處，其中包括海域範圍的國家公園總計4處，包括有墾丁國家公園、東沙環礁國家公園、台江國家公園與澎湖南方四島國家公園。

在墾丁國家公園部分，其保護標的除海域珊瑚礁生態系外，亦包括隆起的高位珊瑚礁地形、熱帶的陸域動植物生態、過境候鳥棲息地與人類活動的文化遺跡；在台江國家公園的部分，除了保護黑面琵鷺之重要棲地外，主要以人文歷史活動與海域環境的關係為經營管理重點，呈現先民橫渡黑水溝來臺墾拓的文化與濕地環境中的漁鹽產業發展；在東沙環礁國家公園與澎湖南方四島國家公園的部分，同屬於海洋國家公園管理處管轄，定位為海洋型國家公園，其主要特色皆以保護海洋生態環境為主軸，尤其在東沙環礁國家公園的部分，除珊瑚礁生態系外，亦有廣大的海草床生態系與特殊的環礁潟湖地形；而澎湖南方四島國家公園在健康的珊瑚礁生態系之外，亦有特殊的玄武岩地景與澎湖地區特有的梯田式菜宅景觀。