行政院農業委員會自1986年起，依文化資產保存法先後指定公告了包括「澎湖玄武岩自然保留區」等19處自然保留區，藉以維護及管理我國具代表性的生態系及自然地形地景，並賦予教育研究之價值；另地方政府亦能依法指定自然保留區，其中「旭海－觀音鼻自然保留區」係為屏東縣政府所指定劃設之自然保留區；「澎湖南海玄武岩自然保留區」係為澎湖縣政府所指定劃設之自然保留區；以及澎湖縣政府109年8月12 日公告劃設，並於109年11月納入海洋保護區範疇的番仔石自然紀念物。
依文化資產保存法第86條規定：「自然保留區禁止改變或破壞其原有自然狀態」，因此我國的自然保留區係屬於保護體系中最為嚴格的保護區，期透過高度的管制規定，以保存當地環境原有的自然狀態，同時具有提供學術研究及環境教育的功能與價值。
在澎湖玄武岩自然保留區部分，位於澎湖縣錠鉤嶼、雞善嶼、及小白沙嶼等三島嶼，而澎湖南海玄武岩自然保留區則包含東吉嶼、西吉嶼、頭巾嶼、鐵砧嶼等四島嶼，主要保護對象為玄武岩地景，其面積範圍隨著漲退潮而有所差異；在旭海－觀音鼻自然保留區部分，位於屏東縣牡丹鄉境內，塔瓦溪以南，旭海村以北的海岸範圍內，主要保護對象為自然海岸帶，並設置有教育解說員進行相關的環境保護與資源現況之宣導；而番仔石自然紀念物則針對其擄獲體玄武岩加以規範。