位於國家風景區範圍內之海洋保護區的劃設模式與其他類型的保護區有些許不同，主要是法規適用上的問題。在國家風景區本身，其依據為發展觀光條例，透過發展觀光條例劃設之國家風景區後，其範圍內的使用管制依據則再依都市計畫法或非都市土地使用管制規則來進行規定；而範圍內之遊憩行為管理規定則依據發展觀光條例及水域遊憩管理活動辦法進行相關的管理工作。

在國家風景區範圍內之海洋保護區共計2處，分別依｢綠島風景特定區計畫（第一次通盤檢討）」及｢東北角海岸（含大溪海岸及頭城濱海）風景特定區計畫（第三次通盤檢討）」進行管理。在綠島部分，其範圍從海參坪至帆船鼻間 的海域，主要保護當地海岸地形景觀與海底資源，同時當地可視實際需要兼具海底公園、潛水、遊艇、帆船等海上遊憩活動使用；在東北角部分，其範圍在鼻頭角至三貂角間直線範圍內之海域，其管制規定及保護方式是以公告海域僅供帆船、獨木舟、風浪板、潛水等非動力水域遊憩活動，以保護海域資源。