海洋污染防治業務為跨機關的整合型業務，因此前海洋污染防治主管機關建置「海洋污染防治管理系統」，本署於107年成立後承接系統，依據目前各類型海洋污染防治需求，發展相關資訊管理功能，並於113年1月1日整合現有系統各項功能，如海洋污染防治管理系統、海域環境查核執法平台、管制資料整合網，建置「海洋環境管理平台」，並依業務屬性分割各大子系統，包含海洋污染緊急應變、許可事業管理、海洋廢棄物、海域水質、空間資訊及地方補助計畫管理等。