依據海洋委員會109年4月28日修正，並自109年6月1日生效之海洋保育類野生動物名錄。依據動物種類將本名錄分為：海洋哺乳類、海洋鳥類、海洋爬蟲類、海洋魚類及其他種類之動物等五點，以便於民眾查閱。
| 大類 | 物種 | 保育現況 |
|---|---|---|
| 海洋哺乳類 | 海獺屬所有種、南方海獅屬所有種、象鼻海豹、僧侶海豹屬所有種、鯨目所有種(北極鯨、小鬚鯨、南極小鬚鯨、鰮鯨、鯷鯨、藍鯨、大村鯨、長須鯨、大翅鯨、伊河海豚、矮鰭海豚、南美長吻海豚屬、中華白海豚、印太瓶鼻海豚、瓶鼻海豚、灰鯨、白鱀豚、小露脊鯨、江豚、加灣鼠海豚、抹香鯨、恒河豚屬、巨瓶鼻鯨屬、瓶鼻鯨屬)、印度太平洋儒艮、亞馬遜海牛、北美海牛、非洲海牛。 | 鯨豚保育 |
| 海洋鳥類 | 玄燕鷗、遺鷗、白眉燕鷗、黑嘴鷗、紅燕鷗、蒼燕鷗、小燕鷗、鳳頭燕鷗、黑嘴端鳳頭燕鷗、白腹軍艦鳥、粉嘴鰹鳥、卷羽鵜鶘、短尾信天翁、黑腳信天翁、斑嘴環企鵝、洪氏環企鵝。 | 海鳥保育 |
| 海洋爬蟲類 | 海鬣蜥、赤蠵龜、綠蠵龜、玳瑁、欖蠵龜、肯氏龜、平背龜、革龜 | 海龜保育 |
| 海洋魚類 | 雙吻前口蝠鱝、阿氏前口蝠鲼、鯨鯊、鈍鋸鰩、昆士蘭鋸鰩、小齒鋸鰩、櫛齒鋸鰩、鋸鰩、後鰭鋸鰩、短吻鱘、斑點鱘、曲紋唇魚、隆頭鸚哥魚、加州犬形黃花魚、腔棘魚屬所有種。 | 軟骨魚保育 |
| 其他種類 | 柴山多杯孔珊瑚、福爾摩沙偽絲珊瑚。 |
