澎湖縣近年來致力於觀光發展，各項水上遊憩活動及休閒漁業產業，如浮潛、海底漫步、海洋牧場(海上平台)等如雨後春筍般湧現，其中又以海上平台業者提供多元化的親海活動，包括海釣、餵食魚群、溜花枝等體驗，最受遊客喜愛。然而，遊客參與的各項水上遊憩及親海活動多集中在本縣內灣海域，加上該海域地形為僅有一出口之海域，水流緩慢，因而衍生內灣海域環境資源整體量能可能降低的議題，憂心進而影響海洋觀光遊憩暨文化產業的發展。
為維持海洋遊憩永續發展的目標，海洋環境維護上需定期評估，本計畫規劃進行澎湖海域環境監測，監測項目包括水文、水質及海域生物，並對監測數據加以分析探討，作為海洋觀光遊憩產業之推動與發展及承載量管理之參考。守護海洋需要長時間投入，海域環境監測更要靠長期執行，才能看出變化與成果。透過長時間持續不斷地累積基礎背景資料，在產業發展或事件發生時，有助於對照出產業發展或事件對環境的影響，確保海洋資源永續經營。
另鑒於貨(油)輪意外事件頻傳，可能導致油料外洩影響海洋環境及生態，為防止、排除及減輕海洋油污染緊急事件對人體、生態、環境及財產影響，需強化污染事件緊急應變能力。同時，加強船舶、港口污染稽巡查管制，嚇阻污染行為，並辦理海洋環境教育宣導提升民眾海洋保護意識，減少垃圾海拋或亂丟等行為。
