臺灣位於西北太平洋海域，離岸區域有黑潮主、支流和大陸沿岸流經過，近岸則有多變的沿岸潮汐流，加上區域性風場形成的海 流與複雜海底地形造成的湧升流等，各類型的海流了提供充沛的能量、帶來浮游生物所需的有機質與豐富的營養鹽，在陽光充足條件下，周邊水域具有高基礎生產力，形成多元的海洋生態系，多樣化的生態棲地亦造就豐富的物種多樣性，是許多鯨豚的重要棲息環境。臺灣水域曾擱淺或目擊至少 32 鯨豚，約佔全球 90 多種鯨豚的三分之一以上。
　　國立自然科學博物館自 1989 年典藏第一具鯨豚標本起，長年參與擱淺和漁業致死鯨豚之處理解剖、骨骼製作典藏、自然史研究等工作，累積至今已達數百件鯨豚骨骼標本與自然史研究樣本。除了本館自行進行研究外，更提供國內外學者進行分類、生物地理、生活史、環境汙染等研究與發表，歷年亦應用標本在科學教育與展示上，提供海洋保育教育和國人終身學習之用。此外，國立自然科學博物館持續參與歷年擱淺鯨豚蒐藏品整理，並協助臺灣大學生態與演化生物研究所 長達 20 多年的珍貴蒐藏之盤點整理，這些鯨豚標本的骨骼製作、自然史樣本之典藏任務將成為國立自然科學博物館生物學組鳥獸學門的重要任務。然而，鯨豚標本因體積龐大，標本製作與研究樣本典藏工作耗時費力，所需人力與經費甚鉅，自然科學博物館在原本的人力編制和常規經費限制下，骨骼標本製作及入庫典藏進度受限，也因此歷年來 累積的鯨豚蒐藏品仍有部分冰存於冷凍庫中等待製作、研究與典藏。
　　本計畫基於鯨豚自然史典藏與研究任務，以瞭解臺灣周邊海域 鯨豚生物多樣性為目的，進行鯨豚之自然史樣本盤點、骨骼製作、 5 生態關聯資料之建構；並累積遺傳多樣性資料，藉以鑑識本地海域之鯨豚之遺傳獨特性和易混淆物種的鑑定；此外，本年度亦以胃含物鑑定和肌肉組織化學分析，探討海豚之食性生態與化學元素組成。
 
重要成果說明：
1.盤點國立自然科學博物館歷年所蒐集之鯨豚自然史典藏品：鯨豚自然史樣本採集 150 份。
2.鯨豚標本物種鑑定、解剖與自然史樣本採集、骨骼製作：鯨豚骨骼標本 5 件。
3.以粒線體 DNA 序列鑑識無法以形態特徵鑑定物種的鯨豚檢體：
(1)臺灣鯨豚粒線體 DNA 序列 30/120 個體/片段。
(2)公開資料庫鯨豚粒線體 DNA 序列下載與資料矩陣彙整 20 種類/亞種/族 群。