依野生動物保育法劃設之6個野生動物重要棲息環境或野生動物保護區，原為農業部林業保育署主管，現移撥由本會海洋保育署接管，分別包括有：
一、桃園觀新藻礁生態系野生動物保護區
二、馬祖列島燕鷗保護區
三、棉花嶼、花瓶嶼野生動物保護區
四、澎湖縣望安島綠蠵龜產卵棲地保護區
五、澎湖縣貓嶼海鳥保護區
六、中華白海豚野生動物重要棲息環境
| 成立時間 | 民國103年7月7日 |
|---|---|
| 公告日期及文號 | 103.07.07 府農植字第1030161744號公告；110年07月09日府環海保字第1100134352號公告 |
| 主管機關 | 桃園市政府 |
| 所屬法規 | 野生動物保育法 |
| 地理位置(範圍) | 所在行政區界桃園市觀音區保生里、新屋區永興里及永安里 |
| 面積(公頃) | 315 |
| 保護標的 | 海洋生態系、河口生態系之複合型生態系 |
| 管制事項 | 1. 共同管制事項： (1)禁止騷擾、虐待、獵捕、宰殺動物或破壞動植物棲地之行為。 (2)非經主管機關之許可，不得任意野放或引進動植物。 (3)非經主管機關之許可，禁止採集、砍伐或焚燒野生動植物之行為。 (4)禁止濫墾、濫建、濫伐、濫葬、任意踩踏、丟擲垃圾、傾倒垃圾或廢土、放置違章構造物、排放廢污水或其他破壞自然環境之行為。 (5)保護區範圍內之所有經濟行為，應維持原有之合法使用狀態，並依相關法令規定辦理。 (6)非經主管機關之許可，禁止各種開發、採取土石或礦物或其他破壞野生動物保護區自然環境之行為。但在不破壞野生動植物主要棲地及影響野生動植物棲息環境情況下，主管機關得設置必要之棲地改善、復育、保育維護及解說設施。 (7)各式交通工具及機械工具，非經主管機關許可不得進入。 (8)汛期、颱風來臨或潮水倒灌等期間，如為人民生命財產安全或維護國土資源，得向主管機關通知後，即可進行緊急臨時搶救或相關處置。 (9)基於學術研究或教學研究，進入本管制區採集野生動植物者，應先經主管機關許可。進入時應隨身攜帶許可文件及可供辨識身分之證件以備主管機關不定期查驗。 (10)其他依野生動物保育法、漁業法及相關法令規定事項。 2.核心區管制事項： (1)禁止任何改變或破壞其原有自然狀態之行為。 (2)禁止農漁業行為。 (3)非經主管機關許可，不得進入。 3.緩衝區管制事項 (1)本區漲潮前後二小時、每逢大潮前後二小時及每日零時至七時及十七時以後全面禁止遊客進入；其餘時間經主管機關許可，得進入本區從事淨灘、生態 攝影、生態旅遊或體驗活動，其他行為非經主管機關之許可，不得進行。 (2)進入本區之遊客應團進團出，且每日入區人數總量，北區限制二百人以內， 南區限制五百人以內。 (3)允許設籍於本市觀音區及新屋區之漁民，在不違背管制使用 規範下，得於本區進行既有之農漁業行為。 (4)民眾於本區活動應注意自身安全。 4.永續利用區管制事項 (1)本區漲潮前後二小時、每逢大潮前後二小時及每日零時至七時及十七時以後 全面禁止遊客進入，其餘時間開放供民眾進行體驗活動。 (2)民眾於本區活動應注意自身安全。 |
| 成立時間 | 民國89年01月26日 |
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| 公告日期及文號 | 連江縣政府89.01.26八十八連建農字第20084號函 |
| 主管機關 | 連江縣政府 |
| 所屬法規 | 野生動物保育法 |
| 地理位置(範圍) | 東引鄉之雙子礁，北竿鄉之三連嶼、中島、鐵尖島、白廟、進嶼，南竿鄉之劉泉礁，莒光鄉之蛇山等八座島嶼，及緩衝區為低潮線向海延伸100公尺內之海域 |
| 面積(公頃) | 71.6166 |
| 保護標的 | 島嶼生態、棲息之海鳥及特殊地理景觀 |
| 管制事項 | 1.共同管制事項： (1)禁止獵捕、宰殺、騷擾、虐待一般類與保育類野生動物鳥類或撿拾、破壞鳥蛋等行為。 (2)禁止各種開發、建設、疏浚、探採礦、採取土石、採集或砍伐植物、或其他破壞自然生態環境等行為。但在不破壞野生動物主要棲地及影響野生動物棲息情況下，主管機關得設置必要之保育維護及解說設施。 2.核心區特別管制事項： (1)全年嚴禁民眾攀登或進入核心區，但為學術研究或自然教育目的者不在此限，惟需先向主管機關申請許可後，始得為之。 (2)非燕鷗繁殖季節（每年十月至翌年三月），漁民得登岸採擷貝類或海（紫）菜，但不得違反本保護區保護利用管制事項（共同、緩衝區及其他保護利用管制事項）。 3.緩衝區特別管制事項：緩衝區內嚴禁按鳴喇叭、放煙炮、餵飼海鳥或其他干擾海鳥之行為。 4.其他管制事項：其依野生動物保育法及漁業法等之規定事項。 |
| 成立時間 | 民國85年03月18日 |
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| 公告日期及文號 | 基隆市政府85年3月18日八五基府建農字第017128號 修正公告：基隆市政府107年7月2日基府產動貳字第1070370074B號 |
| 主管機關 | 基隆市政府 |
| 所屬法規 | 野生動物保育法 |
| 地理位置(範圍) | 棉花嶼全島陸域及其低潮線向海域延伸500公尺，與花瓶嶼全島陸域及其低潮線向海域延伸外200公尺範圍內 |
| 面積(公頃) | 226.38 |
| 保護標的 | 島嶼生態系及其棲息之鳥類、野生動物和火山地質景觀 |
| 管制事項 | 1.共同管制事項： (1)禁止濫建、濫墾、濫伐、採取植物、岩石或礦物及其他破壞、污染保護區自然環境之行為。 (2)非經基隆市政府許可，禁止任意野放動植物。 (3)禁止餵養野生動物。 2.核心區(陸域部分)特別管制事項： 進入核心區者，應經基隆市政府之許可，惟以學術研究與自然教育目的者為限。 3.緩衝區(海域部分)特別管制事項： (1)漁民於緩衝區內得捕撈漁獲，但不得有娛樂漁業行為，餘依漁業法相關規定辦理。 (2)每年3 月至9 月海鳥繁殖期間，除漁民作業外，進入緩衝區者應經基隆市政府許可。 |
| 成立時間 | 民國84年1月17日 |
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| 公告日期及文號 | 澎湖縣政府84.01.17(84)澎府農漁字第01472號函 |
| 主管機關 | 澎湖縣政府 |
| 所屬法規 | 野生動物保育法 |
| 地理位置(範圍) | 澎湖縣望安島6處沙灘草地 |
| 面積(公頃) | 23.3 |
| 保護標的 | 綠蠵龜、卵及其產卵棲地 |
| 管制事項 | 1.於保護區內禁止獵捕、宰殺、騷擾、虐待海龜、挖掘龜卵、捕捉稚龜與騷擾母龜產卵行為。 2.保護區於每年五月一日起至同年十月三十一日為止實施夜間管制，管制時間另行規定。一般民眾及遊客自夜間八時起至翌晨五時止禁止進入保護區；當地居民下海經過保護區依規定時間內管制，其餘時間出入不受限制。 3.為顧及當地民眾生活權益，以採取潮間帶及沿岸淺海海域資源為生之民眾，則不在此限制之內，惟當海龜在其附近活動時，其漁捕行為將加以適當限制。 4.禁止不當之填土、整地、挖沙、傾倒廢棄物及垃圾與其他破壞保護區棲地狀況之行為。 5.其他依野生動物保育法規定之事項。 |
| 成立時間 | 民國80年05月24日 |
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| 公告日期及文號 | 澎湖縣政府80.05.24日(80)澎府農漁字第21442號函 澎湖縣政府86.04.23日(86)澎府農漁字第22616號公告修正函 |
| 主管機關 | 澎湖縣政府 |
| 所屬法規 | 野生動物保育法 |
| 地理位置(範圍) | 大、小貓嶼全島陸域、及其緩衝區為低潮線向海延伸100公尺內之海域 |
| 面積(公頃) | 陸域：10.02 海域：26.18 總計：36.20 |
| 保護標的 | 大、小貓嶼生態環境及海鳥景觀資源 |
| 管制事項 | 1.共同管制事項： (1)禁止獵捕、宰殺、騷擾、虐待一般類與保育類野生動物鳥類或撿拾、破壞鳥蛋等行為。 (2)禁止各種開發、建設、疏浚、探採礦、採取土石、採集或砍伐植物、或其他破壞自然生態環境等行為。但在不破壞野生動物主要棲地及影響野生動物棲息情況下，主管機關得設置必要之保育維護及解說設施。 (3)禁止丟擲、傾倒垃圾或其他汙染自然環境等行為。 2.核心區特別管制事項： (1)全年嚴禁民眾攀登或進入核心區，但為學術研究或自然教育目的者不在此限，惟需先向主管機關申請許可後，始得為之。 (2)每年十一月至翌年三月紫菜生產期間，漁民得登岸採收紫菜，但不得違反本保護區管制事項（共同、緩衝區及其他管制事項）。 3.緩衝區特別管制事項： 緩衝區內嚴禁按鳴喇叭、放煙炮、餵飼海鳥或其他干擾海鳥之行為。 4.其他管制事項： 其他依野生動物保育法及漁業法等之規定事項。 |
| 成立時間 | 民國109年8月31日 |
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| 公告日期及文號 | 109.09.01 海保字第10900069941號 |
| 主管機關 | 海洋保育署(中央)、苗栗縣政府、臺中市政府、彰化縣政府、雲林縣政府(地方) |
| 所屬法規 | 野生動物保育法 |
| 地理位置(範圍) | 北起苗栗縣龍鳳港以北之森林公園沙灘；南邊界線為外傘頂洲西南端；西邊界線依中華白海豚在各區活動範圍之不同而以海岸線距岸1-3浬為基礎劃直斜線；東邊界線為海岸線距岸50公尺並包括主要河口，重要棲息環境分布苗栗、臺中、彰化、雲林等四直轄市、縣（市）。 |
| 面積(公頃) | 76,300公頃 |
| 保護標的 | 中華白海豚 |
| 管制事項 | 在此範圍內之開發利用行為，應先向地方主管機關申請，經層報海委會許可後，才能向目的事業主管機關申請為之。區域內的各種建設或土地利用，不得破壞其原有生態功能。必要時，主管機關應通知所有人、使用人或占有人實施環境影響評估。既有合法漁業開發利用行為，得繼續為從來之使用。 |
