依野生動物保育法劃設之6個野生動物重要棲息環境或野生動物保護區，原為農委會林務局主管，現移撥由本會海洋保育署接管，分別包括有：
一、桃園觀新藻礁生態系野生動物保護區
二、馬祖列島燕鷗保護區
三、棉花嶼、花瓶嶼野生動物保護區
四、澎湖縣望安島綠蠵龜產卵棲地保護區
五、澎湖縣貓嶼海鳥保護區
六、中華白海豚野生動物重要棲息環境
| 成立時間 | 民國103年7月7日 |
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| 公告日期及文號 | 103.07.07 府農植字第1030161744號公告 |
| 主管機關 | 桃園市政府 |
| 所屬法規 | 野生動物保育法 |
| 地理位置(範圍) | 所在行政區界桃園市觀音區保生村、新屋區永興村及永安村 |
| 面積(公頃) | 315 |
| 保護標的 | 海洋生態系、河口生態系之複合型生態系 |
| 管制事項 | 「桃園觀新藻礁生態系野生動物保護區」採分區管制，核心區不開放申請進入，緩衝區(南區)及緩衝區(北區)每日各開放200名申請進入、永續利用區無需申請即可進入，如欲申請進入緩衝區內，請預先線上申請。 ▲全區開放時間為上午7時至下午5時，所有人員請於下午5時前離開保護區。 |
| 成立時間 | 民國89年01月26日 |
|---|---|
| 公告日期及文號 | 連江縣政府89.01.26八十八連建農字第20084號函 |
| 主管機關 | 連江縣政府 |
| 所屬法規 | 野生動物保育法 |
| 地理位置(範圍) | 東引鄉之雙子礁，北竿鄉之三連嶼、中島、鐵尖島、白廟、進嶼，南竿鄉之劉泉礁，莒光鄉之蛇山等八座島嶼，及緩衝區為低潮線向海延伸100公尺內之海域 |
| 面積(公頃) | 71.6166 |
| 保護標的 | 島嶼生態、棲息之海鳥及特殊地理景觀 |
| 管制事項 |
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| 成立時間 | 民國85年03月18日 |
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| 公告日期及文號 | 基隆市政府85年3月18日八五基府建農字第017128號 修正公告：基隆市政府107年7月2日基府產動貳字第1070370074B號 |
| 主管機關 | 基隆市政府 |
| 所屬法規 | 野生動物保育法 |
| 地理位置(範圍) | 棉花嶼全島陸域及其低潮線向海域延伸500公尺，與花瓶嶼全島陸域及其低潮線向海域延伸外200公尺範圍內 |
| 面積(公頃) | 226.38 |
| 保護標的 | 島嶼生態系及其棲息之鳥類、野生動物和火山地質景觀 |
| 管制事項 | 設立「禁止進入或影響」、「禁止採捕」及「分區多功能使用」保護等級告示牌各1面。
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| 成立時間 | 民國84年1月17日 |
|---|---|
| 公告日期及文號 | 澎湖縣政府84.01.17(84)澎府農漁字第01472號函 |
| 主管機關 | 澎湖縣政府 |
| 所屬法規 | 野生動物保育法 |
| 地理位置(範圍) | 澎湖縣望安島6處沙灘草地 |
| 面積(公頃) | 23.3 |
| 保護標的 | 綠蠵龜、卵及其產卵棲地 |
| 管制事項 | 保護區於每年5月1日起至同年10月31日止實施夜間管制，一般民眾及遊客自夜間8時至翌晨5時止禁止擅入保護區。漁民下海若需經過保護區，必須在管制的時間內出入，管制時間則依潮汐而定。 |
| 成立時間 | 民國80年05月24日 |
|---|---|
| 公告日期及文號 | 澎湖縣政府80.05.24日(80)澎府農漁字第21442號函 澎湖縣政府86.04.23日(86)澎府農漁字第22616號公告修正函 |
| 主管機關 | 澎湖縣政府 |
| 所屬法規 | 野生動物保育法 |
| 地理位置(範圍) | 大、小貓嶼全島陸域、及其緩衝區為低潮線向海延伸100公尺內之海域 |
| 面積(公頃) | 陸域：10.02 海域：26.18 總計：36.20 |
| 保護標的 | 大、小貓嶼生態環境及海鳥景觀資源 |
| 管制事項 | 海鳥保護區內，禁止各種騷擾海鳥及破壞生態環境之行為，並有巡護船進行巡邏取締工作。 |
| 成立時間 | 民國109年8月31日 |
|---|---|
| 公告日期及文號 | 109.09.01 海保字第10900069941號 |
| 主管機關 | 海洋保育署(中央)、苗栗縣政府、臺中市政府、彰化縣政府、雲林縣政府(地方) |
| 所屬法規 | 野生動物保育法 |
| 地理位置(範圍) | 北起苗栗縣龍鳳港以北之森林公園沙灘；南邊界線為外傘頂洲西南端；西邊界線依中華白海豚在各區活動範圍之不同而以海岸線距岸1-3浬為基礎劃直斜線；東邊界線為海岸線距岸50公尺並包括主要河口，重要棲息環境分布苗栗、臺中、彰化、雲林等四直轄市、縣（市）。 |
| 面積(公頃) | 76,300公頃 |
| 保護標的 | 中華白海豚 |
| 管制事項 | 在此範圍內之開發利用行為，應先向地方主管機關申請，經層報海委會許可後，才能向目的事業主管機關申請為之。區域內的各種建設或土地利用，不得破壞其原有生態功能。必要時，主管機關應通知所有人、使用人或占有人實施環境影響評估。既有合法漁業開發利用行為，得繼續為從來之使用。 |
