臺灣的軟骨魚類主要為板鰓亞綱的物種，可分為鯊、魟及鰩三大類，鯊魚包括32科、64屬、約124種；魟鰩類包括17科、32屬、約67種，總計將近200種，約佔全球軟骨魚種類的15%，目前仍有許多新記錄種持續被發現。

        軟骨魚種類非常多，在臺灣同時可以發現到最大的鯊魚及最小的鯊魚，最大的鯊魚是俗稱豆腐鯊的「鯨鯊 (Rhincodon Typus)」，重量可以達到42公噸，全長約20公尺，約等同一節臺鐵車廂的長度與重量；而最小的鯊魚是「阿里擬角鯊 (Squaliolus aliae)」，一般體型有如雪茄大小，成魚體型約17-25公分。不同軟骨魚類的生物學特性各異，像生殖方式就分別有卵生、胎生及卵胎生，但多數大型物種皆具有成長速度慢、成熟年齡晚、繁殖量少等特性。

        軟骨魚類為我國傳統漁業利用對象，臺灣鯊魚的卸魚量在1990年到達最高點，為75,731公噸，之後處於逐年下降趨勢。在2015年臺灣鯊魚卸魚量降至最低點，僅有21,871公噸，在2019年為34,977公噸，近十年維持在3萬公噸左右變動。臺灣鯊魚漁業主要產地在宜蘭南方澳、臺東成功新港、屏東東港以及高雄前鎮漁港等。其中沿近海的捕鯊漁業主要產地在南方澳、成功新港以及屏東東港。

        軟骨魚類資源量因為過度捕撈造成死亡率上升，自1970年以來，大洋性鯊魚族群資源量已縮減將近70%，除此之外也面臨全球暖化與氣候變遷、海洋生態環境惡化和棲地喪失等各種危機。自2003年起，華盛頓公約 (CITES) 陸續將鯨鯊、象鮫、大白鯊、鋸鰩科、大西洋鼠鯊、鬼蝠魟、狐鮫屬、鯖鮫屬、真鯊科、雙髻鯊科、琵琶鱝科，及鱟頭鱝科等軟骨魚種類列入附錄二國際貿易管制對象。

        為呼應國際間針對軟骨魚類的保育管理趨勢，漁業署已對於相關經濟性漁獲種類採取禁捕措施，包括2008年的鯨鯊、2013年的污斑白眼鮫、2014年的平滑白眼鮫、2018年的鬼蝠魟，以及2019年禁止捕撈象鮫、大白鯊及巨口鯊。

        除了早在2008年就列為保育類的鋸鰩科物種外，海洋委員會也於2020年6月1日起將2種鬼蝠魟和鯨鯊列為海洋保育類野生動物。依據野生動物保育法，保育類野生動物應予保育，不得騷擾、虐待、獵捕、宰殺或為其他利用。意外捕獲應通報縣市政府海洋保育主管機關或118海巡專線，並遵循活體就地野放，如為死亡個體時應投置於捕獲海域之原則處置。