為協助海草床生態系管理者規劃與設計復育計畫，提供具適應性之管理方法，以提升復育計畫之成功率與調整彈性，俾利管理者制定明確計畫並有效執行，本署特訂定「海草復育指引」。且為「紅樹林植林」及「海草復育」二項溫室氣體減量方法審議通過，為提升相關碳匯調查作業之公信力與實務運用效益，本署公告「臺灣紅樹林碳匯測量標準作業程序」及「臺灣海草床碳匯測量標準作業程序」。
並公布「藍碳生態系行動計畫」，規劃六年期(114年-119年)中長程計畫，進行盤點調查、示範場域建置與監測驗證，奠定科學基礎與技術模式；並以前瞻至2030年為長程目標，逐步擴大復育規模、建立跨部會治理架構，銜接「2050淨零排放路徑」，形塑具韌性與永續性的藍碳治理模式。