海洋保護區經營與管理涉及法規、生態調查及有效執法等面向，需有完善的科學數據以評估其管理成效。我國海洋保護區共計46處，法源及保護目標不同，需要建立適當的評估架構與指標，藉此評估各保護區之管理成效，做為提升海洋保護區管理成效之政策建議。本計畫透過國內外文獻蒐集與分析、專家會議、深度訪談及工作坊之方式，界定保護區經營管理課題，擬定台灣海洋保護區經營管理成效評估架構及指標，為各別海洋保護區量化管理成效，並分析面臨之問題與挑戰，提出管理改善建議。

本計畫首先參考國內外討探海洋保護區管理成效評估方法之相關文獻，於4月完成評估架構與指標初擬，隨後於5月24日第1場專家會議後修改完成第1版評估架構與指標，於6月針對9處保護區進行利害關係人訪談試評管理成效，並於7月7日舉辦第1場線上工作坊分享初步結果，同時蒐集各管理單位之意見，再依據工作坊彙整之建議調整評估指標細項。前述修正結果於8月3日舉行第2場專家會議中討論，建立最終版海洋保護區經營管理成效評估表，於10月底完成22處海洋保護區與3處海洋保護區熱點(因缺少生態調查報告未納入評分)之經營管理成效評估與現地訪視。

本研究所建立的海洋保護區經營管理成效評估架構包含目標、生態、社會經濟及管理等4大面向，共30項指標進行評分。所得分數經加權計算成100總分，再以每20分為區間分成「偏離目標」、「尚無起色」、「些許進展」、「可望達標」及「達成目標」等5等第評比結果。本次評估結果計有基隆望海巷潮境海灣資源保育區、富山漁業資源保育區、觀新藻礁生態系野生動物保護區及旭海觀音鼻自然保留區為等4處保護區評為「可望達標」， 6處評為「些許進展」，4處評為「尚無起色」，8處評為「偏離目標」，尚無保護區評為「達成目標」。

綜整各保護區管理課題發現，成效較佳之保護區其共同點皆為採用完全禁漁區之管制方式，範圍小但容易落實執法，且社區參與度或支持度高。值得注意的是，所有保護區皆面臨(1)缺乏可量化之管理目標與期程、(2)缺乏持續且一致的生態調查資料、(3)執法能力不足、(4)行政組織資源量能不足等4大主要課題。為此，本研究提出對應之改善策略為: (1) 啟動保護區管理通盤檢討之輔導計畫、(2) 完善生態調查及監測計畫、(3) 強化法治規章及執法、(4) 充實地方機關管理能量、(5)重視社會經濟影響強化在地守護意願。