為保育海洋野生動物，依「野生動物保育法」第5條規定，在107年11月1日訂定「海洋委員會海洋野生動物保育諮詢委員會設置辦法」。由海洋委員會就有關機關代表、專家學者、民間保育團體及原住民進行遴聘，組成委員人數在25至31人之海洋野生動物保育諮詢委員會。

海洋野生動物保育諮詢委員會，係就「保育類海洋野生動物名錄之評估分類」、「海洋野生動物保護區劃定、變更或廢止之認可」、「海洋野生動物保護區內，遇有國家重大建設，在不影響野生動物生存原則下，其海域區內土地使用、收益方法之認可」、「其他有關海洋野生動物棲息環境保護、資源復育與保育之諮詢」等事項進行諮詢及討論。